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Fondamental

On peut coordonner deux propositions à l'aide d'une conjonction de coordination ou à l'aide d'un adverbe coordonnant ou d'une locution adverbiale coordonnante :

• Il veut venir mais il n'a pas le temps en ce moment.
• Il veut venir. Cependant, il n'a pas le temps en ce moment.
• Il veut venir. En revanche, il ne veut pas rester trop longtemps.

Syntaxe

Les conjonctions de coordination et les adverbes coordonnants ou locutions adverbiales se distinguent par leur mobilité respective : les seconds peuvent toujours être déplacés à côté du verbe, ce qui n'est pas le cas en général des premiers.

Ainsi il a pu retrouver sa famille. En effet, il était extrêmement triste.	=>	Il a ainsi pu retrouver sa famille. Il était en effet extrêmement triste.
Car il dormait très bien.	=>	*Il dormait car très bien.

C'est là un critère efficace pour distinguer conjonctions et adverbes.

Attention : il y a deux exceptions.

donc est classé parmi les conjonctions de coordination mais peut être placé près du verbe	Il est donc parti.
puis est classé parmi les adverbes mais ne peut pas placé près du verbe	*Il est puis parti.

Attention

Les valeurs obtenues ne sont pas identiques, et il y a des liens que l'on ne peut exprimer que par une conjonction : notamment la conjonction or a un sens vraiment particulier :

• Il a beaucoup de travail. Or, il est épuisé.
  → or introduit un élément extérieur, comme le ferait une locution adverbiale comme par ailleurs ; mais avec or, la proposition est simplement un fait, alors que par ailleurs introduit plutôt un complément.

Quant aux adverbes, ils sont particulièrement nombreux, et les nuances qu'ils expriment sont irréductibles aux simples valeurs d'ajout, d'alternative, d'opposition, de déduction ou de justification exprimées respectivement par et, ou, mais, donc, ou car. On en donne deux exemples seulement.

• Il est épuisé. De fait, il a beaucoup de travail. → de fait marque non seulement une justification de la proposition qui précède, mais aussi une confirmation de sa véracité : "on ne peut pas contester son épuisement, vu le travail qui est le sien".
• Elle est sortie. Puis, elle a pris le bus.
  → puis marque une relation temporelle de succession entre deux événements bien séparés, quand et, qui ne marque pas nécessairement une relation temporelle, tendrait à les enchaîner.

Les deux moyens n'en sont pas moins également possibles.

Complément

On peut coordonner deux propositions avec une conjonction de coordination au sein d'une même phrase ou en les plaçant dans deux phrases différentes :

• Il entre et il la voit.
• Il accepte de venir. Mais il ne restera pas longtemps.

Avec les adverbes coordonnants et les locutions adverbiales, on a plutôt deux phrases différentes :

• Il est passé. En effet, il voulait la voir.