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Remarques

On ne traite pas ici des propositions subordonnées relatives, des propositions subordonnées complétives, et même de certaines propositions que la tradition appelle circonstancielles, en l'occurrence les consécutives et comparatives : celles-là sont subordonnées à un nom, à un verbe ou à un adjectif.

On ne traite que des propositions subordonnées à une autre proposition, puisqu'il est question ici de relations entre propositions.

Les propositions subordonnées à une autre proposition sont généralement introduites par une conjonction de subordination (ou une locution) :

• Quand Paul l'a invité, il n'est pas venu.
• Paul l'ayant invité, il n'est pas venu.

Mais il peut aussi s'agir de propositions participiales : dans ce cas le verbe est au participe présent ou au participe passé, et il n'y a pas de conjonction de subordination pour les introduire.

Fondamental 

Lorsque la proposition subordonnée précède l'autre, il est difficile de ne pas l'isoler par une virgule :

• Pour que l'utilisateur comprenne ce mode de fonctionnement complexe, il faudra prévoir une série de schémas.
• Le blog étant moins formel que le site web, le langage utilisé peut y être plus familier.

Lorsque la proposition subordonnée suit l'autre, il est toujours possible de l'isoler complètement en la faisant précéder d'un point : cela produit un effet de style un peu hardi mais qui peut être bienvenu :

• de type rupture :
• Les diplomates espéraient encore trouver un accord de paix viable. Quand l'ennemi décida d'attaquer.
• dans le cadre d'un raisonnement dont on veut marquer la progressivité ou sous forme d'un ajout a posteriori de type "esprit escalier" :
• Le langage utilisé peut être plus familier. Le blog étant de manière générale moins formel que le site web.

Pour les propositions participiales, une virgule au moins est nécessaire lorsqu'elles sont en seconde position :

• Le langage utilisé peut être plus familier, le blog étant moins formel que le site web.

Pour les propositions introduites par des conjonctions de subordination (ou les locutions conjonctives) en revanche, une virgule est possible lorsqu'elles apparaissent en seconde position :

• Les diplomates espéraient encore trouver un accord de paix viable, quand l'ennemi décida d'attaquer.

mais il est aussi possible de se dispenser de tout signe de ponctuation à partir du moment où cette conjonction constitue le cœur de ce que la phrase s'efforce d'exprimer :

• Prévert met en scène un oiseau pour que le lecteur comprenne mieux son point de vue sur la poésie.